Das prägendste Element in Nieder- und Hochmooren ist das Wasser. Als Dreh- und Angelpunkt gestaltet es die Landschaft und beeinflusst das Leben im und mit dem Moos.
Wie Nieren reinigen intakte Moore das Grund- und Oberflächenwasser von Schadstoffen, indem sie als natürliche Filter Pestizide und andere Chemikalien aufnehmen und Nährstoffe wie Nitrat und Phosphor aus dem Wasser entfernen. Außerdem speichern sie Regenwasser und tragen so zur Neubildung von Grundwasser bei.
Torfböden sind extrem quellfähig und wirken wie Schwämme. Doch diese sind am effektivsten, wenn sie bereits nass sind. Entwässert wird nur ein Bruchteil aufgenommen. Eine Untersuchung der Chiemseemoore zeigte, dass ein intaktes Hochmoor bei Starkregen rund 90 % des Niederschlags aufsaugte, während eine drainierte Moorwiese ein Drittel davon speichern konnte. Wegen dieser Pufferfunktion und der verzögerten Abgabe des gespeicherten Wassers werden Moore als natürliche Retentionsräume bezeichnet und sind extrem wichtig für den natürlichen Hochwasserschutz in Bayern. Gerade in den Landkreisen Dachau und Fürstenfeldbruck gibt es daher ein enormes Potenzial für natürlichen Hochwasserschutz: Mit 7,5 bzw. 11 % Flächenanteil an Moor lassen sich mit Renaturierungsmaßnahmen an nur einem Bruchteil dieser Flächen und entlang von Ufern zukünftige Überflutungen entschärfen oder ganz abwenden.
Oberstes Ziel eines vorsorgenden Hochwasserschutzes ist es, den Hochwasserscheitel zu kappen. Dazu kann die Renaturierung von Mooren und anderen Feuchtgebieten wie Auenlandschaften (Auwälder, nasses Grünland) einen großen Beitrag leisten. Technische Mittel wie Deiche oder eigens gebaute Rückhaltebecken werden durch natürliche Effekte ergänzt und entlastet, um Scheitelwasserstände zu verringern und Siedlungen und Infrastruktur zu schützen. Dabei müssen nicht immer großflächige Maßnahmen erfolgen. Auch viele kleine Maßnahmen schaffen gemeinsam dort Überschwemmungsflächen, wo an Ober- und Zuläufen das Hochwasser entsteht.
Der vollgesaugte Torf gibt sein Wasser nur langsam ab. Dadurch erfüllt das Moor dieselbe Funktion wie ein Wasserspeicher, auf dessen Ressource auch in Trockenphasen noch lange zurückgegriffen werden kann. Ein für Mensch und Tier angenehmer Nebeneffekt vor allem im Sommer: Heiße Luft verdampft das Wasser und kühlt so die Umgebungstemperatur ab.